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获得了有益的土著菌，还得把它们种到发酵床上。发酵床的主要原料是稻草，先将稻草切到10到15公分长，铺10到15公分厚。再按稻草总量的5%，撒上没有污染过的土，和0.3%的粗盐，因为粗盐中含有丰富的矿物质，有利于微生物的繁殖和分解稻草。再按每平方米0.5斤把配种好的菌种洒上去，这个过程一般称之为接种。
这里要特别注意，当发酵床做好以后，不要立即把鸡放上去。如果立即把鸡放上去，鸡就会把这个土著菌菌种全部吃完了。通过四到五天以后，菌种在里面繁殖了很多，这个时候把鸡放上去，即使吃的话呢，也不能把它吃完，这个时候就可以放入雏鸡了
鸡放养的密度要掌握好，密了以后单位面积粪太多，发酵床的菌种来不及分解，就会形成泥泞，发酵就会渐渐停止，所以一般的密度应该控制在每个平方米五到六只比较适合。如果密度过小，粪便太少，土著菌分解鸡粪的能力也会下降。
随着鸡渐渐长大，土著菌的队伍也在繁殖壮大，分解能力也就越来越强。这些鸡上到发酵床后，一个个撒着欢的享受着，而且还自己管理着发酵床呢，除非有积粪的时候，人去管理一下，一般的不要去管理。所谓的管理，对鸡而言是很快乐的，它们在发酵场去找食物，用嘴去找，用爪去扒，实际上通过这些动作，就把鸡粪和发酵场上的有机原料菌种拌在一起了，这样就加快了鸡粪的分解速度。
经过鸡儿们自己管理的发酵床疏松透气，不但有利于吸付粪便，也有利于菌种在垫料里生长，繁殖，分解。鸡采食了大量的微生物以后，在肠道里形成了有益微生物群落，提高了消化能力，生长的健康，疾病也少，排出的粪便臭味也少。没有污染了，这鸡就成了绿色的环保鸡了。
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