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大棚建好了，也有了适应的环境，那么到哪里去找这些土著菌呢？这位养殖户曾经想到了较早就用土著菌搞养殖的日本，想从日本把土著菌引回来。但是这个想法很快就被日本方面否决了。因为日本的土著菌对中国来说没用，菌种离开了原来的生活环境，因为温度、湿度还有其它条件不一样了，所以在新的环境里是很难存活的。
怎么办？只能在当地寻找。在阔叶林，竹林里都会有许多落叶，这些落叶中有好多腐殖质，腐殖质里有许多丰富的土著微生物。可它们是一个很复杂的微生物群落，怎么能在这个庞大的家族里找出具有分解消化能力的有益菌呢？
在专家的指导下，这位养殖户通过大量的实验，在不同的季节、不同的地点采集了不同的菌种，最后在众多的微生物群落里挑选出了放线菌，乳酸菌，酵母菌等一些既能让鸡吃，又能分解粪便的菌种。为了保证充足的种源，又把采集到的菌种做为母菌进行扩繁，用米糠、麦麸、啤酒糟做了大量的实验。实验的结果，发现米糠是人工繁殖土著菌最理想的原料，不过最关键的原料还是一种黑褐色的营养液。当微生物活性降低时，它们可以提高微生物的活力，以加快对排泄物的降解、消化速度。
营养液可以采集早春耐寒并且生长快的植物来做。比如说旱芹，艾蒿，山芋藤，空心菜都可以。一般采集它们的茎尖，因为茎尖的植物生长点营养比较丰富，另外采集时要注意在凌晨露水未干时采集比较好。
采下来的植物不用清洗，带着露水直接加红糖腌制，红糖量是植物鲜重量的三分之一，拌匀后放在缸里，再撒一层红糖盖面，压上石块，用草纸封口就可以了。一般在20摄氏度左右的气候条件下，5-7天会看见有液体渗出来，渣子浮在表面并有股甜香味，这营养液就做好了。
扩繁时将30公斤米糠，20公斤经过500倍稀释的营养液水，把它搅拌均匀，加一份野外采集到的原始菌种拌匀摊薄，用稻草盖上，发酵期间堆料的温度控制在30~40度左右。夏天经过3到5天，冬天经过7到8天，料堆上长满了，菌种就把它做好了。菌种做好以后，就可以直接用在发酵床上，如果暂时不需要，也可以把它通过自然风干，保存起来。
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