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土著菌养鸡的好处真是不少，那么是不是把菌种拿来放进鸡舍里就行了呢？这可不行。在自然界里，土著菌生长在大自然的各个角落，它们享受着大自然的光照和温湿度自然生长。要用它们来养鸡就得给它们创造一个适应的生长环境。
普通的鸡舍一般都是砖瓦结构，保温效果不错却不利于通风和采光。某养殖户想到了以前养鸭子用的大棚。用塑料大棚虽然便宜，光照也足，但夏天空间小，温度高，湿度大，鸡鸭在里面很容易发生烂毛现象，所以还要对它进行改造，把大棚加高，由原来的二米五加高到三米，以便于通风。
鸡棚的其他结构要求也比较高，长大约需要33米，宽6米，这样的结构是为了便于调节棚内的小气候。棚的四周用砖块砌30公分高的墙，墙上安上一米高的防护网，既能保温又能防止野兽的偷袭。
一般蔬菜大棚调节温度用的是草帘子，而鸡棚只需要卷起塑料膜就行了。一般鸡的生长和产蛋的最佳温度，是15摄氏度到20摄氏度之间。当温度超过20度以后，就可以把膜卷起来，温度就可以降下来；当温度低于15度的时候，就把它放下来，温度就可以升上去。塑料膜既能保证鸡的正常生长温度，还有利于微生物的繁殖。在夏天天气热的时候，还可以增加一层遮光率90%以上的遮阳网。在大棚的顶上还要安装五个通气孔。在经常下雨的南方，还可以在通气孔安个帽子，下雨时雨水就不容易漏进去了。
湿度对土著菌的生长至关重要，湿度如果高于65%，土著菌就不生长了。土著菌不生长，鸡的粪和鸡的尿就没办法分解。所以当温度高、湿度大的时候，就要把棚子掀起来，降低温度和湿度。在冬天如果想要降湿，就要将大棚前后两边的卷帘放下来，只留狭窄的缝隙，利用烟囱形成的风洞效应，加快鸡舍内空气的流通。
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