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洪涝灾害中，大量动物因灾死亡，随着气候转暖，动物尸体腐烂，容易造成口蹄疫、高致病性禽流感、高致病性猪蓝耳病、猪链球菌病、钩端螺旋体、炭疽等多种动物疫病的发生和流行。
根据动物疫病发生的特点，应重点做好的工作：一是及时无害化处理死亡的畜禽；二是对饲养场内外环境和屠宰场、交易市场和畜禽尸体处理等场所消毒；三是加强免疫接种；四是加强饲养管理，确保畜禽饲料和饮水安全，确保养殖环境卫生。
畜牧兽医相关部门应从以下几方面采取措施，确保大灾之后无大疫。
一是要全力以赴，帮助灾区养殖场（户）恢复畜牧业生产，减少损失，应做好技术指导、技术帮扶、防疫知识的宣传培训等工作。
二是强化消毒，指导无害化处理。对所辖区域要加强检查，指导、督促养殖场（户）、养殖小区做好环境消毒和动物尸体的无害化处理。对病死畜禽不准宰杀、不准食用、不准出售、不准转运。对不明原因死亡的畜禽要按照规定及时进行监测，如发现重大动物疫病，更要加大消毒和防控力度，并将情况及时上报。灾情过后，要指导养殖场（户）做好圈舍及周边环境至少进行一次全面消毒。
三是加强疫情监测，及时报告和处置突发疫情。要进一步加强动物疫情监测工作，及时发现和排查疫情隐患，做到早发现疫情，早处置疫情，防止疫病扩散蔓延。要加强值守，坚持24小时值班和主要领导带班制度。强化应急工作，同时根据应急预案和防治技术规范，规范处置突发疫情。要加强重大动物疫情监测工作，进一步加大受灾地区动物疫情监测和流行病学调查工作力度，对病死畜禽进行采样检测，及时发现问题，排除疫情隐患。充分发挥动物疫情测报体系和村级动物疫情报告观察员作用，及时汇总、分析灾区动物疫情发展态势，防止疫情发生。
四是加强检疫监督，严防病死畜禽流出。进一步加强产地检疫和屠宰检疫，规范检疫出证行为。加大对饲养、屠宰、加工、运输、储藏等生产和经营环节的监督管理力度，依法严肃处理抗拒检疫和运输、加工、经营未经检疫的畜禽及其产品等行为，严厉打击贩卖病死动物及其产品的行为。本着有利流通、严格把关、打击违法的原则，加大监督检查力度，一方面保证进出灾区的动物及其产品顺畅调运，另一方面要保障动物防疫秩序，防止疫情跨区域传播。
五是加强灾后免疫，协助恢复畜禽生产。要根据本地前期免疫工作进度，结合受灾后的实际情况和抗体监测结果，针对尚未免疫或抗体不达标的畜禽，督促开展补免和紧急免疫工作。同时，要发挥村级防疫员队伍力量，协助有关部门做好灾后畜禽生产恢复工作，做好生产技术指导，宣传好经验、好做法，帮助养殖场（户）尽快恢复信心，促进畜牧生产尽快恢复，确保动物及动物产品有序供应。 要切实履行检疫职责，严格执法，确保病死畜禽不出场、不出户。严格对病死畜禽采取“四不准一处理”处置措施，即“不准宰杀、不准食用、不准出售、不准转运病死畜禽及其产品”，一处理是“对死亡畜禽必须进行无害化处理”。
防止死亡畜禽流入市场，确保灾区人民食用合格的畜禽产品，确保大灾之后无大疫。
对于没有进行口蹄疫、猪瘟、鸡新城疫和高致病性蓝耳病免疫接种的畜禽，要立即补免。对已进行了免疫接种的畜禽，根据免疫抗体检测情况及周边疫情情况，必要时强化免疫一次。因此，当前必须突击抓好畜禽免疫工作。对于其他畜禽传染病，也要根据疫情动态，做好预防接种工作。
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