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1、什么是分子育种？
所谓分子育种主要包含两部分内容：一是分子标记辅助育种，二是基因工程或者叫转基因。
其中，分子标记辅助育种是将生物技术与传统育种技术相结合而形成的，在水稻、小麦、玉米、大豆、油菜等重要作物上，通过寻找与重要农艺性状紧密连锁的DNA分子标记，从基因型水平上实现对目标性状的直接选择，从而加快育种进程，提高育种效率，选育抗病、优质、高产的品种。
与转基因技术不同，分子标记育种技术是利用现有的种质资源开展玉米种质改良和育种研究，不存在安全性和市场排斥等社会性和生态性风险。分子标记辅助选择技术在各玉米种业跨国公司已成为常规技术，极大地提高了育种效率。
2、什么是全基因组选择？
2001年，全基因组选择的概念被提出，即估计全基因组上所有标记或单倍型的效应，从而得到基因组估计育种值。
与传统的标记辅助选择的最大区别在于，全基因组选择不仅仅依赖于一组显著的分子标记，而是联合分析群体中的所有标记，以进行个体育种值的预测。
在作物遗传育种领域，全基因组选择应用于小麦秆锈病持久抗性和产量等复杂性状的遗传改良已有研究报道。
与传统的分子标记辅助选择相比，全基因组选择有两大突破，一是基因组定位的双亲群体可以直接应用于育种；二是更适合于改良由效应较小的多基因控制的数量性状。
